Les congés de maladie sont classés en trois catégories qui ouvrent des droits différents

1. Le Congé de Maladie Ordinaire (CMO)

Il est accordé de droit. La demande doit être accompagnée d’un certificat médical (arrêt de travail) précisant la durée et transmise à l’I.E.N. qui transmettra au gestionnaire.
Le/ la malade informe le directeur de l’école le plus rapidement possible, ce qui permet alors de demander le remplacement du congé.

Le certificat doit être daté du jour même et adressé par e-mail dans les 24h. Il est vivement recommandé de conserver l’original.

On procède de même en cas de prolongation.

L’Administration peut faire procéder, par l’un de ses médecins agréés, à un contrôle de présence ou à une contre-visite.

Contrairement à une idée répandue, un congé de maladie peut se terminer juste avant des vacances (dernier jour de classe inclus). L’enseignant reprend alors son service durant les vacances et n’est plus en congé de maladie. Il n’est donc pas nécessaire de reprendre un jour avant les vacances.

Le traitement quant à lui est versé de façon tout à fait normale pendant les vacances.

Attention : si un CMO va jusqu’aux vacances scolaires et qu’à la rentrée de celles-ci un nouveau CMO est prononcé avec la mention « prolongation », la durée des vacances sera alors intégrée dans le décompte annuel des CMO…

Idem pour un week-end : fin de CMO le vendredi, prolongation le lundi ; le week-end sera comptabilisé dans la période de CMO.

TRAITEMENT : Il est assuré à 90% pendant 3 mois, à demi-traitement les 9 mois suivants. Certaines primes (REP, Isae) sont suspendues au prorata des jours d’absence.

La Loi de finances 2025 imposée à l’aide du 49.3 par F. Bayrou prévoit d’abaisser à 90% de l’indice la rémunération pendant le congé maladie ordinaire (LOI n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025). Cette mesure scélérate entrera en vigueur le 1er mars 2025, malgré l’opposition de l’intersyndicale Fonction publique dont la FSU fait partie.

Pour un.e collègue qui touche un salaire de 2000 euros, pour un arrêt de 10 jours la perte passera de 66 à 126 euros soit 60 euros de plus ! . Pour le/la même collègue s’arrêtant 30 jours la retenue passant de 66 à 260 euros ! Le gouvernement Bayrou veut ainsi faire des économies sur les dos des fonctionnaires malades.

À noter : Le modification actuelle de la loi ne s’applique pour l’instant qu’aux agents fonctionnaires titulaires et stagiaires. Les agents contractuels ne sont pour le moment pas concernés mais il est à prévoir une adaptation des textes leur appliquant les mêmes règles dans les mois à venir.

En général, à partir de 3 mois de congé, selon la nature et la gravité de la maladie, il est conseillé de demander à son médecin d’envisager la mise en congé de longue maladie (CLM) qui ouvre davantage de droits que le congé de maladie ordinaire.

À noter :Le jour de carence ne s’applique qu’aux « congés maladie ». Ainsi le congé maternité n’est pas concerné, pas plus que les jours « enfants malade ».
Un agent contractuel en arrêt maladie peut être indemnisé avec un délai de carence de 3 jours si son ancienneté est inférieure à 4 mois de service.

2. Le Congé de Longue Maladie (CLM)

Il est accordé sur la demande de l’intéressé, accompagné des pièces justificatives, pour les maladies de la liste publiée dans l’arrêté du 14 mars 1986 (voir la liste sur Legifrance).

Un congé de longue maladie peut être attribué, à titre exceptionnel, pour une maladie non énumérée ci-dessus, après avis du Conseil médical. Dans ce cas, il doit être constaté que la maladie met l’intéressé dans l’impossibilité d’exercer ses fonctions, rend nécessaire un traitement et des soins prolongés et qu’elle présente un caractère invalidant et de gravité confirmée.

La reconduction par tranche de 3 à 6 mois (jusqu’à 3 ans) est soumise à la même procédure. Elle doit être effectuée un mois avant la fin du congé en cours.

La demande se fait sur Colibris. L’octroi du CLM est soumis à avis du Conseil médical en Formation restreinte, après convocation par un médecin expert.

Le CLM est un droit renouvelable après reprises de fonctions pendant au moins un an.

Le CMO est transformé en CLM : votre CLM partira donc du 1er jour d’arrêt continu en rapport avec votre pathologie.

TRAITEMENT : Depuis le 1er septembre 2024, les fonctionnaires placé·es en CLM perçoivent :

100% du traitement + 33% des indemnités et primes la 1re année (CMO compris) ;
60% du traitement + 60% des indemnités et primes les 2e et 3e années.
Précisions :
La suspension de certaines primes et indemnités à compter du remplacement de l’agent·e dans ses fonctions reste valable (indemnités REP/REP+, ISS de direction au delà de 30 jours,…).

3. Le Congé de Longue Durée (CLD)

Le fonctionnaire atteint d’une affection relevant de l’un des cinq groupes de maladies suivants : cancer, maladie mentale, tuberculose, poliomyélite ou déficit immunitaire grave et acquis peut demander un congé de longue durée dans les mêmes conditions que le congé de longue maladie.

La demande se fait impérativement à la fin des 12 premiers mois de CLM. Elle ne peut être faite au delà.

A la différence du CMO et du CLM, le congé de longue durée n’est pas renouvelable au titre des affections relevant d’un même groupe de maladies (ex : cancers). La durée maximale du CLD est de cinq ans pour toute la carrière.

TRAITEMENT :
Pendant les trois premières années (inclus les 12 mois en CLM), le fonctionnaire conserve l’intégralité de son traitement ; celui-ci est réduit de moitié pendant les deux années suivantes.

Décompte du Congé de Longue Durée :

Au titre de chacun des cinq groupes de maladies ouvrant droit au congé de longue durée, le fonctionnaire peut obtenir cinq ans de CLD au cours de sa carrière.

Ce temps maximum de CLD peut être pris de manière continue ou fractionnée, c’est-à-dire qu’il est possible qu’il soit entrecoupé par des périodes de reprise de service.

Au terme des cinq années de congé, un, deux ou trois autres congés ne pourront être délivrés dans les mêmes conditions que si les maladies successives du fonctionnaire appartiennent à des groupes de maladies différents.

Adaptation aux maladies comportant des périodes de rémission :

Le congé de longue durée est mal adapté aux maladies comprenant des périodes de rémission dès lors qu’il ne peut être renouvelé.

C’est pourquoi il n’est délivré qu’une fois épuisés les droits à plein traitement du congé de longue maladie accordé à la place du CLD ou au titre d’une maladie antérieure (12 mois).

Le CLD prend effet à la date de début du congé de longue maladie si celui-ci a été accordé pour l’affection de longue durée ; l’administration peut également, à la demande du fonctionnaire qui exerce alors une option irrévocable, le maintenir en congé de longue maladie, lequel se trouve ainsi prolongé.

Ainsi, après avis du comité médical, l’administration accorde soit un congé long (congé de longue durée de cinq ans), non renouvelable, soit un congé plus court (congé de longue maladie de trois ans) mais qui peut être renouvelé.

Dans certaines hypothèses, il est en effet préférable de maintenir en congé de longue maladie à demi-traitement un fonctionnaire plutôt que d’épuiser immédiatement ses droits à congé de longue durée à plein traitement ; le congé de longue maladie, en outre, n’ouvre pas de vacance d’emploi (le poste est conservé).

Reprise de fonctions :

Le fonctionnaire placé en CLD peut immédiatement être remplacé dans ses fonctions (perte de poste).
Son droit à reprendre ses fonctions n’en est cependant pas affecté puisque sa réintégration peut éventuellement être prononcée en surnombre, c’est-à-dire même s’il n’existe pas d’emploi budgétaire susceptible de l’accueillir dans le corps auquel il appartient.

Remarques importantes :
Quand on passe du plein traitement au demi-traitement (ou du demi-traitement au congé sans traitement), la M.G.E.N. intervient pour verser un complément de salaire aux mutualistes (se renseigner auprès de la section M.G.E.N.). C’est aussi le cas d’autres assurances, sous réserve d’avoir souscrit un contrat de "prévoyance". C’est pourquoi il est primordial d’envisager cette option en vous assurant.

Situation à l’expiration des droits à CMO, CLM et CLD

Un·e fonctionnaire est placé·e en position de disponibilité pour raison de santé, à titre provisoire, dans l’attente de l’avis du conseil médical pour la reprise de service, le reclassement, la mise en disponibilité d’office pour raison de santé ou l’admission à la retraite pour invalidité :
à l’expiration des 12 mois consécutifs d’un congé maladie ordinaire ;
à l’expiration de la dernière période de CLM ou de CLD, si le.la fonctionnaire ne peut reprendre son service.
Durant cette procédure, une indemnité égale au montant du traitement et des primes et indemnités qu’il ou elle percevait à la fin de son congé pour raison de santé (CMO, CLM ou CLD) lui est alors versée.

Si une expertise par un médecin agrée est demandée, le ou la fonctionnaire doit se soumettre à l’examen, sous peine d’interruption du versement de l’indemnité.

Dans tous les cas, à l’issue de la procédure, le montant de l’indemnité perçue reste acquis.

Enseignant·es contractuel·les et AESH

Ouverture des droits :

L’agent·e contractuel·le en activité bénéficie de congés de maladie ou de grave maladie après quatre mois de services.

Les durées prises en compte pour l’ouverture des droits à compter du 1er septembre 2024 :

"L’ensemble des services effectués en qualité d’agent public pour le compte des administrations de l’Etat, des autorités administratives indépendantes et autorités publiques indépendantes, des établissements publics de l’Etat, des collectivités territoriales et de leurs établissements publics ainsi que des établissements ou services hospitaliers ou sociaux sont pris en compte pour la détermination de la durée de services requise pour l’ouverture de ces droits."

Rémunération :

L’agent·e contractuel·le en congé de maladie (CMO) perçoit :
la totalité du traitement au cours des trois premiers mois ;
la moitié du traitement les neuf mois suivants.

L’agent·e contractuel·le en congé de grave maladie perçoit :
100% du traitement + 33% des indemnités et primes la première année ;
60% du traitement + 60% des indemnités et primes les deux années suivantes.

A compter du 1er juillet 2025 :
"Les indemnités journalières dues en matière de maladie, maternité, paternité, adoption et accidents du travail et maladies professionnelles sont versées à l’administration par subrogation lorsque la rémunération est maintenue durant les congés maladie ou grave maladie et qu’elle est au moins égale au montant des indemnités journalières."

Concrètement cela veut dire que c’est l’Education nationale qui rémunère l’agent contractuel durant son congé, puis récupère cet argent auprès de la Sécurité sociale. C’est un véritable progrès pour nos collègues.
Pour les PE contractuels les démarches se font aussi via Colibris. La FSU-SNUipp 91 peut vous accompagner.

Congés maladie : CMO, CLM, CLD ... Ce qui a changé

Congés maladie : CMO, CLM, CLD ... Ce qui a changé